Garnisons Kirke eller Garnisonskirken ligger i Garnisons Sogn i København, ved Sct. Annæ Plads. I 2006 kunne den fejre 300 års jubilæum. Kirkens kirkegård, Garnisons Kirkegård, ligger på det indre Østerbro.

I slutningen af 1600-tallet havde København udviklet sig til en garnisonsby, og der var et behov for kirker til det militære personel. Flåden havde fået Holmens Kirke i 1619, og i 1670 havde Kastellet fået sin første kirke, som dog knapt kunne betjene Kastellets mandskab. Resten af hærens mandskab savnende et kirkeligt hjemsted og var henvist til at bruge Holmens Kirke. Da Sophie Amalienborg brændte i 1689, overlevede slottets kapel, og militæret overtog det. Det var imidlertid kun dimensioneret til at betjene slottets beboere og var en utilstrækkelig løsning for den stadigt voksende garnison.

Da Frederik d. 4 kom på tronen i 1699, gav han tilladelse til, at der blev bygget en ny kirke til garnisonen i den sydlige del af Sophie Amalienborgs park ("Dronningens Have"), som vi nu kalder Sct. Annæ Plads. Christian d. 5 havde haft andre planer for dette område og havde tidligere skænket en ledig grund i Dronningens Tværgade til at bygge kirken på, og der var blevet udført tegninger tilpasset denne grund i 1697.

Disse tegninger blev fundet frem igen. De var udført af Georg Philip Müller, som var ingeniørofficer. At han var ingeniør mere end arkitekt afslører sig i kirkens meget regelmæssige form og nærmest spartanske ydre. Grundplanen er det latinske kors, og alt var tilpasset et modul på 10 alen (20 fod). Byggeriet blev startet i 1703 efter G. P. Müllers tegninger under ledelse af Domenico Pelli. kirken kunne indvies 24. marts 1706.